上海股权托管交易中心以为中小微企业提供综合金融服务为使命，以创新发展为驱动，率先在市场制度体系上进行了大胆创新，在股份交易、登记结算、投资者准入、信息披露等方面有着诸多创新点，填补了我国场外交易市场的制度空白。

    目前，我国已出现了上海股权托管交易中心、全国中小企业股份转让系统等20多个场外交易市场，挂牌企业已达数千家，诸多证券公司、专业服务机构和私募股权投资机构等参与其中。但是传统证券市场的信息技术系统理念主导场外市场系统建设，缺少与场外交易市场相适应的交易结算系统。以全国股转系统为例，其仍采用交易所、登记结算公司、代理买卖机构(券商)三者各司其职，“交易撮合、登记结算、代理买卖”三者分离和二级委托、二级结算模式。

    上海股权托管交易中心交易结算系统则采取“一级委托、一级结算”模式，集“交易撮合、登记结算、代理买卖”于一体，通过一个系统高效便捷地实现全部功能。模块化设计使新业务开展时系统无需大量修改或重建。同时，支持经纪业务网点无障碍建设。只需1台可以接入互联网的PC和相应外设，经纪业务网点即可快速完成系统建设，开展经纪业务，揭示行情。而系统采用的“一级委托、一级结算”模式，使投资者直接通过上海股权托管交易中心进行委托交易、股份登记、托管和结算，节约资源，提高效率。并充分利用互联网，跨越区域限制，实现经纪业务柜台服务的延伸。